Acomplamiento molecular: criterios prácticos para la selección de ligandos biológicamente activos e identificación de nuevos blancos terapéuticos

Abstract

El acoplamiento molecular es un método
bioinformático que permite predecir
y calcular computacionalmente la posición
más favorable de interacción entre un
ligando y un blanco (usualmente proteico)
a partir de sus representaciones tridimensionales.
Esta herramienta bioinformática
no tiene una regla que se adapte a todos
los casos y la mayoría de los programas empleados
con esta finalidad, tienen diferentes
métodos para tratar cada caso en particular.
Además, cada blanco proteico es estructuralmente
diferente y la capacidad de replicar
los resultados experimentales y fisiológicos
depende en gran medida del sistema
utilizado y del criterio del usuario. Así, este
artículo proporcionará pautas y detallará
varios aspectos prácticos como el estado de
protonación de los átomos, la identificación

de moléculas de agua importantes en el sitio
activo, la diferenciación entre moléculas
activas y señuelos como mecanismo de control,
la determinación de la energía libre de
unión (ΔG) y el análisis de la flexibilidad y la
dinámica molecular; aspectos que deberían
ser tomados en cuenta antes de iniciar un
estudio de acoplamiento molecular para la
búsqueda y selección virtual de ligandos e
identificación de blancos terapéuticos.