Diseño y evaluación de primers in silico del gen E1 del virus de chikungunya para Real-Time PCR (qPCR)

Abstract

El diseño de primers es una parte sustancial
dentro de los ensayos de PCR, el mismo
es aplicado en la caracterización de microorganismos,
secuenciación, cuantificación, etc.
En los últimos años se ha incrementado herramientas
para este fin, se realizaron nuevas variantes,
crearon nuevos enfoques, muchas de
estas herramientas son de licencia comercial
y otros de acceso libre y código abierto permiten
al usuario mejorar o modificar según
requerimiento el diseño de primers. En este
trabajo comparamos las características básicas
dentro del diseño de primers, empleando
2 tipos de herramientas web de acceso libre y
código abierto: Primer-BLAST y Primer3Plus,
se realizó el diseño in silico, análisis de estructuras
secundarias y verificación de la especificidad
de los primers obtenidos. Los resultados
mostraron que el uso de variables adicionales
o uso de penaltis mediante el software Primer-
3Plus afectan en la especificidad, formación de

estructuras secundarias de los primers y de los
amplicones. Además, se determinó que los parámetros
que tienen muchos software por defecto,
no aseveran el diseño de primers convenientes
y/o específicos, en este sentido es
importante realizar el uso de penaltis. Asimismo,
se identificó que el uso de Primer3Plus ha
permitido disminuir la formación de estructuras
secundarias, sin afectar la especificidad
de amplificación del marcador seleccionado.