Establecimiento y evaluación de dos métodos de pre tratamiento de muestras de suelo para la extracción de ADN para el estudio de la diversidad bacteriana

Resumen

La necesidad de ampliar los conocimientos
respecto a los mecanismos bioquímicos
y fisiológicos desarrollados por los
microorganismos presentes en suelos requiere
de una descripción completa de la
diversidad microbiana, para lo cual en las
últimas décadas se han desarrollado diferentes
técnicas moleculares (qPCR, DGGE,
T-RFLP, RAPD.) las mismas que requieren
una adecuada técnica de extracción de ADN
que aseguren el éxito de la descripción de
la diversidad microbiana, considerando las
características de las muestras de suelos a
ser estudiadas.
Los protocolos de extracción de ADN generalmente
utilizados están basados en la separación
de los microorganismos de la matriz
antes de la extracción de ADN mediante lisis
física o química y por otro lado, la extracción
directa del ADN microbiano a partir de muestras
de suelo, sin embargo la presencia de sustancias
húmicas y fenólicas afectan la calidad

del ADN extraído, lo que repercuten en el desarrollo
de posteriores estudios moleculares.
La finalidad de este estudio fue la de establecer
procedimientos de pre tratamientos
de 3 tipos de muestras de suelo (arenoso, arcilloso
y francos) para posteriormente describir
la riqueza y diversidad bacteriana de las
muestras en estudio mediante PCR DGGE. De
esta manera se determinó que la adición de
CaCO3 en muestras de suelos francos permite
la identificación de una mayor diversidad y
riqueza bacteriana (10 bandas). Asimismo, la
adición de PVPP a suelos arenosos (8 bandas)
y arcillosos (3 bandas) también permite obtener
las características descritas anteriormente
utilizando el método PCR-DGGE. Lo cual indica
que los procedimientos de pre tratamiento
con CaCO3 y PVPP son específicos para la extracción
de ciertas comunidades microbianas.